Trường Đại học Tôn Đức Thắng áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001 từ năm 2008. Hiện nay, hệ thống quản lý chất lượng của Trường được vận hành theo tiêu chuẩn ISO 9001:2015 và liên tục được các tổ chức chứng nhận quốc tế đánh giá, tái chứng nhận, gần nhất vào các năm 2023 và 2026 bởi Viện Tiêu Chuẩn Anh - BSI Việt Nam.