Tiền thân của Trường Đại học Tôn Đức Thắng (Ton Duc Thang University: TDTU) là Trường Đại học Công nghệ Dân lập Tôn Đức Thắng, thành lập theo Quyết định 787/TTg-QĐ ngày 24/9/1997 của Thủ tướng Chính phủ. Trường do Liên đoàn lao động Thành phố Hồ Chí Minh sáng lập và quản lý thông qua Hội đồng quản trị do Chủ tịch Liên đoàn lao động Thành phố đương nhiệm làm chủ tịch.
Mục tiêu thành lập TDTU trong giai đoạn đầu là: thực hiện Chương trình 17/TU và Chỉ thị 13 của Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh về đào tạo, đào tạo lại, bồi dưỡng và nâng cao trình độ chuyên môn, tay nghề cho giai cấp công nhân Thành phố; phát triển nguồn nhân lực cho nhu cầu công nghiệp hoá - hiện đại hoá; góp phần đào tạo nhân tài, nhân lực, thực hiện nghiên cứu để phục vụ hệ thống sản xuất, xã hội ở Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh phía Nam.
Ngày 28/01/2003, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 18/2003/TTg-QĐ chuyển đổi pháp nhân và đổi tên Trường Đại học Công nghệ Dân lập Tôn Đức Thắng thành Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng trực thuộc Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh. Như vậy, sau 5 năm rưỡi là đại học dân lập hoạt động với mục tiêu đào tạo nhân lực, chuyên gia theo mô hình đại học công nghệ-kỹ thuật ứng dụng; bằng quyết định này, TDTU trở thành đại học khoa học ứng dụng đa ngành và không còn pháp nhân dân lập.
Ngày 11/6/2008, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 747/TTg-QĐ đổi tên Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng thành Trường Đại học Tôn Đức Thắng và chuyển về thuộc Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam. Trong thời gian này, mục tiêu của trường được bổ sung thêm là "trực tiếp phục vụ việc phát triển nguồn nhân lực trong công nhân, người lao động để góp phần xây dựng giai cấp công nhân Việt Nam theo tinh thần Nghị quyết 20-NQ/TW ngày 28/01/2008 của Hội nghị Lần thứ 6 Ban chấp hành trung ương Đảng Khóa 10".
Ngày 29/01/2015, tại Quyết định số 158/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động của Trường Đại học Tôn Đức Thắng giai đoạn 2015-2017. Mục tiêu của Trường Đại học Tôn Đức Thắng được xác định rằng: “Đại học Tôn Đức Thắng chủ động huy động, sử dụng hợp lý, hiệu quả nhất các nguồn lực của trường và xã hội để phát triển Trường Đại học Tôn Đức Thắng thành một đại học định hướng nghiên cứu có chất lượng trong khu vực và trên thế giới, đồng thời bảo đảm các đối tượng chính sách, đối tượng thuộc hộ nghèo có cơ hội tiếp cận các chương trình đào tạo của trường”.
Là trường đại học công lập hoạt động theo cơ chế tự chủ, TDTU nỗ lực tiên phong trong đổi mới quản lý, nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học theo các chuẩn mực quốc tế. Nhà trường chú trọng xây dựng môi trường học tập hiện đại, thúc đẩy sáng tạo và tăng cường ứng dụng thực tiễn. Với việc không ngừng mở rộng hợp tác quốc tế, TDTU đã thiết lập quan hệ với nhiều trường đại học lớn của thể giới, là điểm đến lý tưởng cho sinh viên khát khao hội nhập và phát triển toàn diện.
