Trường Đại học Tôn Đức Thắng áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo ISO và được chứng nhận đáp ứng tiêu chuẩn ISO 9001 từ năm 2008. Đến tháng 3 năm 2017, Nhà trường đã cập nhật phiên bản ISO 9001: 2015 và đã được chứng nhận bởi tổ chức DNV - GL.
Tháng 6 năm 2023, Tổ chức BSI đã thực hiện đánh giá và tiếp tục chứng nhận hệ thống quản lý chất lượng của Trường theo chuẩn ISO 9001: 2015.